育种研究室
主要以常规杂交育种为主，结合基因诱变、分子辅助选择等进行烤烟新品种的选育。同时，开展烟草种质资源创新、抗病抗逆性鉴定、外引品种评价和新品种的示范推广等工作。育种研究团队现有人员11人，其中博士2人、硕士3人、高级研究人员3人。
植物保护研究室
主要围绕烟草病虫害监测预警及生物防治、病虫害生物多样性控制及生态调控、烟草病虫害成灾生物学及生态机理等方面开展科学研究及技术创新。植保科研团队现有人员13人，其中博士后1人、博士3人、硕士5人、高级研究人员6人。
围绕现代烟草农业发展目标，重点开展营养发育、肥料运筹、土壤生态、耕作制度及栽培技术等研究与技术推广工作，实现特色烤烟提质增效，为优质烟叶原料保障提供技术支撑。栽培营养科研团队现有科研人员11人，其中博士3人、硕士3人、中级研究人员4人、高级研究人员2人。
主要围绕节能减排、提质增香发展目标，重点开展烟叶成熟采收、烘烤工艺、烤房及配套设备等研究工作，在色素调控、自动化采收、智能化烘烤、烘烤特性测试等方向有突破性进展，2017年认定为“河南省烟叶色素调控及智能化烘烤创新型科技团队”。
调制加工科研团队现有科研人员8人，其中博士1人、硕士2人、副高级研究员4人。
主要从事植烟土壤养分、烟叶化学成分、致香物质含量检测分析，并围绕烟叶质量安全目标，重点开展烟叶、土壤中重金属、农药残留量分析检测。农化科研团队现有人员10人，其中博士2人、硕士3人、高级研究人员3人。
烟草行业“黄淮烟区烟草病虫害绿色防控重点实验室”是依托河南省农业科学院烟草研究所（河南省烟草公司烟草研究所）、河南省农业科学院植物保护研究所创建的科研平台，学科（领域）为植物保护学，研究方向为烟草主要病虫害生物防治、监测预警、生态调控及抗病虫育种。2016年1月获得国家烟草专卖局批准。
本实验室目前共有人员55人，其中固定人员41人，流动人员14人。固定人员中，高级职称人员17人，占总人数的41.5%；具有博士人员18人，占51.2%；具有硕士以上学位人员34人，占总人数的82.9%。
实验室总建筑面积4500余平方米，科研用房建筑面积1460平方米，实验室现有万元以上仪器设备80余台（套），总价值 3080 万余元，其中30万元以上设备34台（套），总价值2411万余元。
