为充分发挥制度优势，有效整合体制内优势科技资源，快速形成国家生物育种产业创新中心的基本研发力量，按照省政府要求，经省委编办批复同意，遴选河南省农业科学院生物育种部分优势团队的骨干力量，在河南省农科院作物设计中心的基础上成立了河南省作物分子育种研究院（以下简称“研究院”）。研究院是河南省农业科学院直属科研机构，主要职能任务是：开展农作物种质资源鉴定、评价创制；分子设计育种技术体系构建研究；农作物生物技术研究与应用；农作物新品种培育；农作物新品种、新技术示范推广。现设有综合部、财务部、科研事业部、保障服务部4个管理部门和小麦分子育种创新团队、小麦丰优育种创新团队、花生育种创新团队、大豆育种创新团队4个研发团队。研究院是国家生物育种产业创新中心科技创新板块的运营载体，小麦国家工程实验室、花生遗传改良国家地方联合工程实验室、河南省麦类种质资源创新与改良重点实验室等10余个国家和省级研究平台依托研究院建立。

       研究院现有在编在岗职工49人，编外聘用35人，其中研究员12人，副研究员20人，博士30人。现有中国工程院院士2人，中原学者3人，国家有突出贡献中青年专家2人，国务院特贴专家6人，百千万人才工程国家级人选4人，省优秀专家5人，省杰出专业技术人才2人，省学术技术带头人2人，省政府特殊津贴专家2人，国家产业技术体系首席科学家1人，岗位科学家1人，试验站站长1人，省产业技术体系首席2 人。全院有3个省部级创新型科技团队。

       按照国家发展改革委和省委省政府对生物育种中心的功能定位要求，根据“立足河南、服务全国、面向全球”的总站位，研究院围绕科学高效、充满活力、可持续发展的发展目标，强化体制机制创新，通过实施更大力度的开放创新、更具竞争力的人才政策、更具活力的运行管理机制，探索传统育种组织方式向商业化育种转变的实现路径，形成了以农作物新品种选育为优势和重点的研究领域，小麦、花生的品种改良研究处于全国领先水平，花生远缘杂交育种跨入世界领先行列。