河南省农业科学院经济作物研究所紧扣黄淮海流域经济作物产业发展刚需，立足粮油安全、特色作物提质、种业自主创新核心目标，围绕种质资源创新、遗传改良育种、绿色高效栽培、抗逆分子机理解析、科研成果示范转化、全产业链技术服务六大领域系统布局学科体系。目前研究所下设油菜、油莎豆、大蒜、菜用豆类、棉花五大特色优势学科，构建起从基础理论研究、种质创制、品种选育到栽培技术集成、产业示范推广的全链条学科体系。各学科人才梯队完善、科研平台完备、试验基地配套齐全，多个研究方向跻身国内先进乃至国内领先行列，持续为河南省及全国经济作物种业振兴、产业绿色高质量发展提供科技支撑。
一、油菜学科
油菜学科是国家及河南省油菜育种攻关核心支撑学科，长期聚焦油菜种质资源创新、遗传改良、优质高产多抗新品种选育、栽培生理调控、良种良法配套技术示范推广等关键研究方向。学科在双低油菜育种、高油油菜定向育种、油菜杂种优势利用三大核心领域整体达到全国先进水平，行业影响力突出。2007年本学科纳入首批国家油菜产业技术体系建设体系，2014年依托学科建设获批河南省“创新型科技团队”。
学科人才梯队
本学科现有在岗科研人员11人，职称结构、学历结构、年龄结构梯度合理，科研分工清晰。其中研究员2名、副研究员4名，博士4人；国家级、省级产业技术体系岗位科学家各1名，河南省杰出专业人才1人、河南省优秀专家1人、河南省学术技术带头人2人，高层次科研领军人才与骨干人才配比科学，学科内生发展动力充足。
科研平台支撑
依托两大省部级重点实验室开展科研攻关，分别为农业部黄淮海油料作物重点实验室、河南省油料作物品种遗传改良重点实验室，全面支撑油菜分子标记辅助育种、品质精准鉴定、抗旱抗寒抗逆分子机理解析等基础研究与应用研究，筑牢学科科研硬件根基。
学科科研进展与发展成效
学科先后承担国家重点研发计划、国际合作项目、国家自然科学基金、河南省重大科技专项等一大批国家级、省部级科研项目；深耕国际科研合作，与比利时、法国、德国等多个国家农业科研机构建立常态化长效合作机制，打通油菜育种领域国内外学术交流与资源共享通道。育种成果方面，累计育成油菜新品种30余个，其中国家审定品种9个；成功培育出我国首个通过国家级审定的双低优质油菜品种豫油1号，填补我国油菜优质品质育种领域空白。
在特色基础研究领域，本学科深耕油菜非生物胁迫研究，在油菜抗旱、抗寒分子遗传机理及逆境防控技术研发方面形成独有研究特色与技术壁垒，差异化竞争优势显著。学科累计发表高水平学术论文100余篇，斩获省部级以上科技成果奖励10余项，整体学术水平位居国内外同行前列，持续引领黄淮海地区油菜品种更新与产业转型升级。
二、油莎豆学科
油莎豆学科是国内起步早、基础厚、成果突出的特色油料优势学科，主要围绕油莎豆基础生物学机理、关键农艺性状分子调控机制、种质资源收集鉴定与创新、高效育种技术研发、专用新品种选育、绿色高效栽培技术集成、产业化示范与全产业链技术服务开展系统性研究，学科基础理论研究水平与新品种选育能力均位居国内领先地位。
学科人才梯队
学科由中国工程院张新友院士领衔打造，学科方向设置齐全，科研队伍务实创新、锐意进取。现有科研人员16人，平均年龄40岁，青年科研骨干储备充足，人才队伍年轻化优势明显。队伍配置涵盖院士1人、研究员2名、副研究员1名，博士7人、硕士7人，其中享受国务院特殊津贴专家2人，高端人才引领+中青年骨干支撑的学科人才体系成熟完善。
科研平台支撑
建有河南省油莎豆资源开发与利用工程技术研究中心、河南省油莎豆产业创新联合体两大省级科创平台，搭建起基础研究、品种中试、技术集成、产业落地一体化科研创新体系，助力科研成果快速从实验室走向田间地头。
学科科研进展与发展成效
近年来，本学科先后获批国家重点研发计划、河南省重大科技专项、河南省科技攻关项目、河南省青年人才托举工程、院县共建等各类纵向及横向科研项目10余项。基础科研实现突破性进展，成功组装全球首个油莎豆高质量参考基因组，批量克隆调控油莎豆品质、抗逆性的关键功能基因，补齐国内油莎豆分子育种基础短板。
育种应用成果成效亮眼，自主选育的豫油莎系列新品种适应性广、丰产潜力大，在河南、新疆、内蒙古、吉林、山东等全国主产区大面积推广应用，创下油莎豆亩产800公斤的高产纪录，目前已成为我国油莎豆规模化生产的主栽品种，有力推动国内特色油料作物产业规模化、标准化发展。
三、大蒜学科
大蒜学科是河南省农业科学院重点扶持的新兴特色经济作物学科，立足河南省全国大蒜主产区产业痛点，聚焦大蒜种质资源创新、新型育种技术研发、连作障碍绿色防控、水肥药一体化精准栽培、优良品种示范推广等核心方向开展攻关，学科整体科研水平位居河南省内先进行列，是支撑河南大蒜产业高质量发展的核心科研力量。
学科人才梯队
本学科现有科研人员10人，学历层次与年龄结构配比合理，科研技术实力雄厚。其中研究员2人、副研究员2人，博士、硕士学历人员共计6人；拥有新世纪百千万人才工程国家级人选、国务院政府特殊津贴专家1人，河南省科技创新领军人才1人，河南省学术技术带头人2人，高端人才引领新兴学科快速成长。
学科科研进展与发展成效
依托院所新兴学科培育专项支持，本学科先后承担河南省新兴学科建设、自主创新专项、高层次人才资助、院县共建服务等多项重点项目。聚焦大蒜生产核心难题，重点攻关集团混合育种、诱变育种、土壤连作障碍修复、水肥药一体化绿色栽培四大关键技术，破解大蒜连作减产、品质不稳定、田间管理粗放等产业卡点问题。
学科自主选育的系列大蒜新品种丰产性状突出，鲜蒜亩产可达5000斤，适配中原地区气候与土壤条件，田间综合表现优异，获得省内广大大蒜种植主体的广泛认可，为河南大蒜产业提质增效、品牌打造提供了优质种源与配套技术保障。
四、菜用豆类学科
菜用豆类学科为河南省农业科学院、经济作物研究所双重重点培育学科，除核心菜用豆类研究方向外，同步拓展棉花、观赏向日葵特色经济作物研究领域，重点开展种质资源精准鉴定、重要性状功能基因挖掘、高产优质多抗新品种选育、病虫害绿色防控、高效栽培技术集成熟化等研究，兼顾基础科研创新与产业技术服务双重职能，学科发展后劲充足。
学科人才梯队与科研硬件条件
学科现有在岗科研人员8名，实习科研人员3名，其中高级职称人员5名，博士4名，人才结构合理，科研创新能力强劲。近三年累计获批河南省重点研发计划、联合基金、良种攻关、院县共建、院所新兴学科建设等各类科研项目10余项。
科研试验硬件体系完善，建有分子生物学实验室、逆境胁迫温室、生理生化实验室，可满足作物分子育种、逆境生理、基因功能验证等室内实验需求；依托原阳综合试验基地，配套500㎡试验仓库、1000㎡塑料温室大棚、3000㎡晒场、60余亩标准化试验田，同时建设专用病圃、冷库、低温烘干室，配备各类现代化农业机械30余台套，完整覆盖种质资源鉴定、新品种选育、栽培技术试验、农产品初加工全流程科研需求。
学科主要研究方向与发展成效
1.种质资源精准鉴定与作物重要农艺性状关键功能基因挖掘；
2.高产、优质、多抗菜用豆类新品种选育与大面积示范推广；
3.观赏向日葵专用新品种培育与观光、鲜切花产业示范应用；
4.作物虫害绿色防控技术与高效栽培技术集成、优化及熟化。
自“十四五”以来，本学科团队累计发表SCI高水平学术论文10余篇，授权国家发明专利3项，选育植物新品种12个，获得省部级科技进步奖2项，持续为省内菜用豆类、观赏经济作物产业发展提供种源支撑与技术供给。
五、棉花学科
棉花学科是研究所老牌优势省级重点学科，主攻棉花遗传育种、抗病抗逆分子机理、基因遗传转化三大核心研究方向，在棉花高产优质新品种选育、杂种优势高效利用、棉花黄萎病抗性遗传机制解析领域达到国内领先水平，2012年本学科依托科研实力获评农业部遗传改良科技创新团队。学科立足中原棉花主产区资源优势，同时聚焦新疆棉花产业战略需求，服务全国棉花种业振兴与产业安全大局。
学科人才梯队
本学科现有科研人员12人，高端领军人才集聚优势明显。其中研究员3人、副研究员6人，博士7人；拥有中原学者1人，新世纪百千万人才工程国家级人选2人，国务院政府特殊津贴专家2人，全国农业科研杰出人才1人，形成了领军人才领衔、骨干人才支撑、青年人才储备的完备学科人才体系。
科研平台与科研项目
建有河南省农科院南疆棉花试验站，构建起中原育种加代、南疆区域适应性鉴定的双向异地育种试验体系。学科科研经费保障充足，先后主持国家重点研发计划、国家转基因重大专项、国家自然科学基金等国家级科研项目30余项，累计到位科研经费突破3000万元，为学科持续攻关提供充足资金保障。
学科科研成果与产业贡献
育种成果丰硕，累计育成豫杂35、豫杂37、银山2号、豫棉508、银山20等系列优质棉花新品种16个，获得植物新品种权、国家发明专利共计13项。其中银山2号等优良品种成功推广至新疆棉区以及塔吉克斯坦，被塔吉克斯坦总统拉赫蒙命名为“友谊1号”并在该国全域推广，实现我国棉花育种技术与优良品种走出国门。
学科累计获得省部级以上科研成果奖励8项，其中包含国家科技进步二等奖1项；出版学术专著6部，在国内外核心学术期刊发表论文70余篇。现阶段，本学科立足自身育种核心优势，持续聚焦新疆棉花产业提质增效需求，助力全国棉花品种迭代升级，切实保障棉农增产增收，筑牢我国棉花产业安全科技防线。